新生儿支原体感染原因主要是通过多种方式传播所引起的，比如呼吸道传播、母婴垂直传播、间接传播等。
1、呼吸道传播：支原体是介于细菌和病毒之间的一种微生物，而且具有传染性的，主要是通过空气中的飞沫进行传播，一般呼吸道在吸入空气中的飞沫之后有可能会导致新生儿感染。
2、母婴垂直传播：如果母亲在怀孕期间出现了支原体感染，产道内有支原体病毒，胎儿在分娩的过程中有可能会导致感染，也会导致新生儿出现支原体感染。
3、间接传播：如果新生儿使用了感染者的生活用具，在间接接触的过程中也有可能会导致新生儿出现支原体感染。
